Palírna Knockando byla založena v oblasti Speyside, nedaleko řeky Spey, v roce 1898. Založil ji John Thompson a v květnu následujícího roku se rozjela výroba. Už v březnu roku 1900 byla uzavřena.
V roce 1903 palírnu zakoupila společnost W&A Gilbey za pouhých 3 500 liber. Tato anglická společnost byla známým producentem ginu. Od roku 1887 již vlastnila palírnu Glen Spey, jednalo se o první skotskou palírnu v anglických rukách, a také palírnu Strathmill. Sladová whisky z těchto tří palíren se brzy stala důležitou složkou míchané whisky Spey Royal a později blendu J&B. Postupem času a po celé řadě různých fúzí a akvizicí se z této společnosti stal gigant Diageo.
Ač to u těchto palíren nebývá zvykem, majitelé se zaměřovali i na rozvoj značky single malt whisky Knockando. Již v roce 1978 bylo představeno první 12leté stáčení a v 90. letech patřila mezi deset nejprodávanějších značek single malt whisky na světě. Dnes ji sice najdete až ve třetí desítce, ale stále se jedná o 8. nejprodávanější single malt whisky společnosti Diageo. Oblíbená je hlavně ve Francii a Španělsku. V prosinci roku 2017 byla palírna zavřena a začala zde velká rekonstrukce. Výroba se opět rozeběhla až v létě roku 2021.